簡介

基因組研究已經從單一細胞的研究擴大到整個生物系統的研究。同時高通量全基因體定序的技術(如:NGS)也已經把定序流程的瓶頸由產生實驗數據轉到以資訊為基礎的大量計算分析。由於這些新技術的發展成功的推動了許多在生物網路中的大規模定量之研究,我們預期在未來的幾年中,以大規模數據為基礎進行的系統生物運算將會成為主流。
然而NGS的功能雖然強大,並且可以應用在許多的臨床醫藥上,但NGS數據的解讀是非常複雜的。想要將NGS所產生的資料成功且精確的應用,需要同時具有分子生物及生物資訊的專業能力及經驗來支援這個工作。成功大學基因體醫學中心的團隊成員包括分子生物學家、遺傳學家、病理學家、資訊科學和結構工程師,我們的專業領域涵蓋了分子生物學、生理學和內分泌學、病理學、腫瘤生物學、遺傳學、資料庫及資料探勘、網路安全及工程學等等。因此,我們的團隊在這個領域中是處於領先的地位,也有足夠的資源及知識來執行如此先進的工作。依據我們過去傑出的研究紀錄和經驗,提供完整且完善的新一代生物資訊服務是可預期的。因應生物資訊的需求,本中心除提供專業諮詢外,也提供以下各項客製化的服務:

  1. 基因組註解:基因組序列的功能性描述是許多基因體研究計畫的首要目標。我們的服務將提供各種基因體基因及區域之預測和註解。
  2. 微陣列數據分析:生物晶片(Microarray)平台在用於檢測已知序列變異和量化表現的變化上,至今仍被認為是最可靠的技術。我們將提供客製化服務,並根據GO及KEGG項目、轉錄因子和基因表現圖譜和基因叢集分析的資訊,提供豐富的功能分析結果。
  3. 新一代定序(NGS)序列分析:由NGS技術所得到的序列片段,需要大量計算能力和特殊演算法技術進行組合與分析。除了由定序儀應用軟體提供之基本的分析外,我們另外將建構軟體系統及流程來提供分析序列資料及改進重組序列的品質。此外我們亦將利用商業或自有開發的軟體提供後續的應用分析,這包含了找出序列變異點、量化基因表現量及特有序列模組的辨識等等。
  4. 資料庫設計和開發:由於新興技術的發展,許多在生物網路中的大規模定量之研究產生出大量的數據為基礎。如何儲存資料及演繹出之資訊是一個重要的課題。本中心的研究人員在過去參與過許多生物資料庫的設計和開發的計畫,因此經驗豐富。未來我們將提供我們的專業知識來協助研究人員發展他們自己的資料庫。

生物資訊分析收費標準 (收費標準更新,自2014年5月1日起生效)

微陣列數據分析*

(Gene Expression, Copy Number Variation, miRNA Expression, and ChIP-on-chip analysis)﹣NT$5,000元/片 (by Partek)

NGS序列分析**

基礎分析:Convert XSQ to CSFASTA+QV or Fastq – free (by LifeScope)
進階分析:

  1. Whole genome resequencing﹣10,000元/樣品/分析 (by LifeScope)
    • Single nucleotide polymorphism finding
    • Single nucleotide variant analysis
    • Small Indel analysis
    • Large Indel analysis (paired-end library only)
    • Copy number variation (human only)
  2. Exome sequencing﹣10,000元/樣品/分析 (by LifeScope)
    • Single nucleotide polymorphism finding
    • Single nucleotide variant analysis
    • Small Indel analysis
    • Enrichment analysis
  3. RNA sequencing Package﹣25,000元/ 一組樣品/分析 (by LifeScope and Partek)
    • 2 samples /1 set (result files: 2 profile + 1 comparison ;含mapping*2 )
    • Identify gene/exon/transcript expression levels
    • Identify differentially expressed gene/exon/transcript
    • Identify alternative spliced transcipts
  4. RNA sequencing and lncRNA Package﹣40,000元/ㄧ組樣品/分析 (by LifeScope and Partek)
    • 2 samples /1 set (result files: 4 profile + 2 comparison ,含mapping*2)
    • Identify gene/exon/transcript expression levels
    • Identify alternative spliced transcripts
    • Identify differentially expressed gene/exon/transcript
    • Identify lncRNA expression levels
    • Identify differentially expressed lncRNA
  5. ChIP sequencing Package﹣20,000元/一組樣品/分析 (by LifeScope and CLC bio)
    • 2 samples (treatment vs control)/1 set (result files: 5 files) ,含mapping*2
    • o Apply different procedures to identify binding region
  6. miRNA sequencing Package﹣25,000元/一組樣品/分析(by LifeScope and Partek)
    • 2 samples /1 set (result files: 2 profile + 1 comparison) ,含mapping*2
    • Identify known microRNAs and other type of small non-coding RNAs
    • Profile differentially expressed miRNA
  7. Methylation-specific sequencing﹣20,000元/序列/分析(by LifeScope and Partek)
    • Identify genome methylated regions
    • Identify differentially methylated regions

專案分析:

  1. Whole genome resequencing﹣依專案討論內容而定
    • Sequence variant calling against 1000 Genome, and COSMIC databases (or other user provided database)
    • Sequence variant calling against Chinese Han population SNV database
    • Sequence variant prediction by SIFT and PolyPhen2
    • Biological Interpretation : GO enrichment
    • Biological Interpretation : Pathway analysis
    • User demanded analysis
  2. Exome sequencing﹣依專案討論內容而定
    • Sequence variant calling against dbSNP, 1000 Genome, and COSMIC databases (or other user provided database)
    • Sequence variant calling against Chinese Han population SNV database
    • Sequence variant prediction by SIFT and PolyPhen2
    • Biological Interpretation : GO enrichment
    • Biological Interpretation : Pathway analysis
    • User demanded analysis
  3. De novo assembling﹣依專案討論內容而定 (by LifeScope and Denovo2)
    • Assemble genomes, which reference sequences are not available, from short reads
  4. RNA sequencing﹣依專案討論內容而定 (by LifeScope and Partek)
    • Single nucleotide variant analysis
    • Single nucleotide polymorphism finding
    • Allele-specific expression
    • Cluster by gene expression
    • Biological Interpretation : GO enrichment
    • Biological Interpretation : Pathway analysis
    • User demanded analysis
  5. ChIP sequencing﹣依專案討論內容而定
    • Binding motif finding
    • De novo motif identification
    • Biological Interpretation : GO enrichment
    • Biological Interpretation : Pathway analysis
    • User demanded analysis
  6. miRNA sequencing﹣依專案討論內容而定 (by Partek)
    • Target gene prediction
    • Finding Overrepresented microRNA Target Sets
    • Correlating microRNA and mRNA Data
    • User demanded analysis
  7. Methylation-specific sequencing﹣依專案討論內容而定 (by Partek)
    • Integrated with gene expression profile
    • Biological Interpretation : GO enrichment
    • Biological Interpretation : Pathway analysis
    • User demanded analysis

生物路徑分析(Pathway Analysis, 使用MetaCore? 進行分析)﹣5,000元/dataset

    • Analysis includes Pathway Maps, Process Networks, Diseases(by Biomarkers), Metabolic Networks, and GO Processes
    • Network objects in MetaCore? are: proteins, protein complexes or groups, peptides, RNA species, compounds, EC numbers (function), or reactions.
    • Default summary exported from MetaCore including short description and representative figures of analysis results.

資料庫設計和開發﹣依專案討論內容決定

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