透過技術的改良及進步,新一代的定序技術(Next Generation Sequencing; NGS)的解讀能力可完整的檢測及量化整個基因組包括生殖和體細胞的遺傳變異。雖然目前大部分以NGS為基礎的研究尚處於基礎研究階段,但越來越多的應用 研究在在顯示了這個技術的提升與未來在應用科學上的良好進展。

目前市面上已經可以找到一些如癌症診斷和個人基因組資訊分析的應用實例。這種商業的有效利用,讓我們充分瞭解到NGS應用層面的轉變。可以預期的是隨著NGS成本不斷的下降,這項技術會被應用在更多基因體醫學相關的領域上。

成大基因體醫學中心擁有最新的次世代高速定序平台,包括了ABI SOLiDTM 5500xl,Ion ProtonTM System 及Illumina MiSeq。在提供的服務上,ABI SOLiDTM 5500xl定序產生的序列讀長約35-75鹼基,Ion ProtonTM System定序產生的序列讀長約100-200鹼基,Illumina MiSeq定序產生的序列讀長約50-600鹼基;Ion ProtonTM System及Illumina MiSeq定序可更快速(Fast-Track)完成反應。因此可依需求來選擇適合的系統進行定序。本服務由受過專業操作訓練的技術人員執行,檢驗室有標準的操作動線流程,使定序工作做到品質恆定、迅速確實、及價格合理之目標。本中心開放的服務如下:
1. ABI SOLiDTM 5500xl定序
2. Ion ProtonTM System定序
3. Illumina MiSeq定序


次世代高通量基因定序服務項目:

 ABI SOLiDTM 5500xl 定序服務項目:

DNA服務項目 樣品需求 建議定序方式 服務時程(月) 價格
Human genome
re-sequencing
>10 μg DNA
>300 ng/ μl
OD260/280>1.8
>30x coverage (90G)
Single-end sequencing
2
750,000
Microbial Genome de novo sequencing (5Mb genome size) >10 μg DNA
>300 ng/ μl
OD260/280>1.8
>200x coverage (~1G)
Single-end sequencing
3
35,000
Exome-Seq
>20 μg DNA
>1 μg/ μl
OD260/280>1.8
>100x coverage (~6G)
Single-end sequencing
2
150,000
Target re-sequencing
>20 μg DNA
>1 μg/ μl
OD260/280>1.8
30~60 M reads
Single-end
sequencing
2
40,000/200X
coverage
ChIP-Seq
>10 ng ChIP DNA
>0.5 ng/ μl
OD260/280>1.7
>10M reads
Single-end sequencing
2
35,000
MeDIP
>10 μg DNA
>100 ng / μl
OD260/280>1.8
>10M reads
Single-end
sequencing
2
35,000
 
RNA服務項目* 樣品需求 建議定序方式 服務時程(月) 價格
RNA-Seq
(Transcriptome-seq)
>20 μg total RNA
>500 ng mRNA
OD260/280>1.8
RIN>7
>60M reads
Single-end sequencing
1.5
115,000
RNA-Seq
(Transcriptome-seq)
>20 μg total RNA
>500 ng mRNA
OD260/280>1.8
RIN>7
>30M reads
Single-end sequencing
1.5
70,000
Small RNA-Seq
>20 μg total RNA
>1 μg/ μl
OD260/280>1.8
RIN>8
>15 M reads
Single-end sequencing
1.5
45,000
  * Low input RNA protocol (minimal 500 ng RNA; RIN≥3) is available.
    Please contact us for detail information.

 Ion ProtonTM System 定序服務項目:

DNA服務項目 樣品需求 建議定序方式* 服務時程(月) 價格
genome re-sequencing
>1 μg DNA
>50 ng/ μl
OD260/280>1.8
>10M reads
Single-end sequencing
1
28,000
Exome-Seq
>3 μg DNA
>50 μg/ μl
OD260/280>1.8
>30M reads
Single-end sequencing
1
70,000
ChIP-Seq
>10 ng ChIP DNA
>0.5 ng/ μl
OD260/280>1.7
>10M reads
Single-end sequencing
1
28,000
 
RNA服務項目 樣品需求 建議定序方式* 服務時程(月) 價格
RNA-Seq
(Transcriptome-seq)
>3 μg total RNA
>200 ng mRNA
OD260/280>1.8
RIN>7
>60M reads
Single-end sequencing
1
115,000
RNA-Seq
(Transcriptome-seq)
>3 μg total RNA
>200 ng mRNA
OD260/280>1.8
RIN>7
>30M reads
Single-end sequencing
1
70,000
Small RNA-Seq
>20 μg total RNA
>1 μg/ μl
OD260/280>1.8
RIN>8
>15 M reads
Single-end sequencing
1
45,000
   * General guideline for NGS applications for reference.

 Illumina MiSeq 定序服務項目:

DNA服務項目 樣品需求 建議定序方式* 服務時程(月) 價格(每一樣本)
Amplicon-seq
16S metagenomics
>100 ng DNA
260/280>1.8
>10 samples
(detail classification)
>20 samples
>30 samples
Max 40 samples
(screening)
Pair-end sequencing
2
14,000

9,000
6,500
5,500
Amplicon-seq
Tumor panel
>100 ng DNA
260/280>1.8
>1500x coverage
Pair-end sequencing
2
25,000
Small genome
de novo assembly
>10 ng DNA
260/280>1.7
>200x coverage
Pair-end sequencing
1
65,000
ChIP-Seq
>5~10 ng DNAl
260/280>1.7
>10M reads
Single-end sequencing
1
43,000
  * DNA quality will need be tested in the QC qPCR assay.
 
RNA服務項目 樣品需求 建議定序方式* 服務時程(月) 價格
Small RNA-Seq
>1 μg total RNA
260/280>1.8
RIN>8
>10 M reads
Single-end sequencing
1
43,000
   * General guideline for NGS applications for reference.

其他須知:

  1. 請將DNA或RNA包裝妥當後(注意,謹防漏及壓破)隨同填妥之次世代高通量基因定序申請書,逕寄 (DNA:限時掛號; RNA:冷凍宅配):台南市北區勝利路367號 3樓基因體醫學中心收。
  2. 本中心費用採用開具成功大學之發票,方便顧客核銷。

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